doc - это закрытый формат, все нюансы реализации которого известны только Microsoft. Соответственно, храня книги в формате, который идеально может быть обработан программами только одной фирмы, библиотека заставляет своих читателей пользоваться программами одной конкретной фирмы (т.е. покупать лицензию или воровать софт).

С другой стороны, pdf и djvu - это свободные форматы, которые поддерживаются множеством разных разработчиков. Используя их в качестве приоритетных, библиотека гарантирует доступ к книгам читателям без ограничений на используемые программы.